Siinä missä JAMKO edustaa kaikkia Jyväskylän ammattikorkeakoulun opiskelijoita, ovat koulutusalajärjestöt tietyn koulutusalan opiskelijoiden edustajia. Jokaisessa Jamkin yksikössä toimii omana yhdistyksenään koulutusalajärjestö, jonka toiminnan pääpaino on yksikön opiskelijoiden etujen ajamisessa, jäsenetujen tarjoamisessa sekä opiskelijakulttuurin luomisessa ja ylläpitämisessä. Koulutusalajärjestöjen kautta ei saa virallista opiskelijakorttia.
Koulutusalajärjestöt osallistuvat edunvalvontatoimintaan muun muassa Jupinaviikkojen kautta. Koulutusalajärjestöt tapaavat säännöllisesti yksikön johtajia ja opintoasioista vastaavaa henkilökuntaa sekä ylläpitävät suhteita yksikön muiden tukipalvelujen kanssa. Lisäksi koulutusalajärjestöt järjestävät tapahtumia, pitävät tiiviisti yhteyttä toisiinsa ja JAMKOon.
JAMKissa toimii tällä hetkellä kuusi koulutusalajärjestöä.